日本武士作为帝国时代2中日本的特色步兵单位，以其高攻击速度和特殊加成著称，但在实战中仍存在明显弱点。该单位对建筑物的额外攻击加成使其在拆毁经济建筑时效率突出，同时快速攻击速度让其在单挑中占据优势。日本武士的护甲属性仅为中等水平，面对高爆发伤害或范围攻击单位时生存能力有限。
日本武士最大的劣势在于对抗远程单位时的表现。由于缺乏快速接近敌人的手段，当面对弓箭手、弩炮等远程火力时，日本武士往往在接近前就会遭受严重损耗。特别是成群的火枪手和投石车，能在日本武士靠近前就造成毁灭性打击。这种情况下，日本武士需要其他单位配合才能发挥应有作用。
骑兵单位也是日本武士需要警惕的对手。虽然日本武士对特殊单位有伤害加成，但面对高机动的骑士系单位时，其移动速度劣势会被放大。游侠等高血量骑兵即使正面交锋也能凭借血量优势消耗日本武士，更常见的战术是利用机动性进行拉扯作战。日本武士若没有长戟兵等反骑兵单位支援，很难单独应对骑兵骚扰。
在对抗特定文明的特殊单位时，日本武士也会陷入劣势。例如哥特近卫军的超快生产速度可以形成数量压制，波斯战象的高血量能够承受大量伤害，这些都需要日本玩家提前做好兵种搭配准备。单纯依赖日本武士的单一兵种战术在面对这些特殊情况时容易陷入被动。
