荒海降水机关的解谜分为两个阶段，需依次完成两个雷立方机关的解密才能彻底降低水位。第一阶段解谜位于神樱大祓结界右侧，需按照特定顺序击打雷立方：面朝雷立方时先攻击右上角机关，再攻击左下角机关两次，最后再次攻击右上角机关。成功解谜后水位会首次下降，露出通往第二阶段的通道。需跳入旁边的小洞并游泳至尽头台阶，此处需注意体力消耗，可在游动过程中借助墙壁恢复体力。
第二阶段解谜位于被水淹没的区域深处，需要处理五个并排的雷方块机关。方块编号从左至右为1至5，其互动规律为：击打1号会影响3号，击打2号会影响1和3号，击打3号会影响2和4号，击打4号会影响3和5号，击打5号仅影响3号。初始状态下，只需击打中间的3号方块两次即可直接解谜。若机关已被打乱，可通过重新登录游戏重置至初始状态。解谜成功后水位完全退去，同时解锁底部传送锚点。
在解谜过程中需注意，荒海地下区域与神樱大祓任务紧密关联。进入荒海内部前需完成前置任务祭神奉上获取道具留念镜，并利用该道具扫描荒海悬崖上方烟囱处的三个小狐狸雕像以激活入口机关。进入第一层后需先完成驱邪任务，随后通过方块解谜和仙灵引导才能开启通往第二层的通道。第二层初始被水淹没，需游泳至最深处楼梯处才能进行水位机关的最终解谜。
完成全部解谜后，水位下降会暴露出隐藏区域，包括可解锁的传送点和通往恒常机关阵列的路径。该区域还藏有任务道具奇怪的石板（与刃连岛任务相关）以及需要高等级雷种子才能获取的雷神瞳。建议在解谜前确保雷种子等级足够，并携带冰系角色应对游泳环节的体力消耗问题。若在解谜过程中出现错误，除重置游戏外，还可通过观察方块亮面朝向进行手动调整，确保所有方块的发光面最终朝向同一方向。
