游戏内共有七种主要草药，分别是太阳花、闪耀根、幌菊、月光草、寒颤棘、火焰花和死亡草，它们均可用于制作各类增益药水。每种草药都有其特定的原产生物群落和开花条件，例如太阳花生长于森林地表且在白天开花，而火焰花则需要种植在地狱的灰烬块上并于不下雨的日落时段开花。
草药的种植主要可通过两种容器实现：粘土盆/种植盆和在对应环境土块上的直接种植。粘土盆和各类种植盆可以从树妖处购买，其优点是价格实惠、可以悬空放置充当平台，并且能保护草药不被玩家或敌怪的意外攻击所摧毁。盆栽种植的缺点是草药生长速度相对较慢，且只有在开花阶段才能进行采收。若在未开花时用镐子强行采集，只会破坏植株。
另一种更高效的种植方式是直接在对应的环境方块上建立药田，例如将火焰花种子种在灰烬块上，或将月光草种子种在淤泥块上。这种方块种植法的最大优点是生长速度远超盆栽，几乎是其两三倍，因此被许多玩家采用。但其缺点也十分明显：需要耗时收集各种环境土块，并且土块上的药草非常脆弱，容易被战斗中的流弹摧毁。为此，玩家需要采取环境预防措施，例如在药田四周铺设石砖等不可腐蚀的方块来阻止腐化或猩红之地的蔓延，并建造墙体防止刷怪干扰。
无论采用何种方式，草药的生长都遵循发芽、成熟和开花三个阶段。在发芽期，植株仅呈现小芽状态，此时采集将一无所获。进入成熟期后，植物明显长大但未开花，此时采集只能获得草药本身而无法得到种子。最理想的采收阶段是开花期，当满足特定条件（如特定时间、天气或事件）时，草药会显现花朵或发光等特征，此时采集能同时获得草药和1至3颗对应的种子，从而实现种植的循环。
为了提升种植与采收效率，有几件关键装备不可或缺。再生法杖可以在丛林宝箱中找到，用它采收草药能显著增加草药与种子的掉落量，是对药田进行高效管理的最佳工具。而环境保护指南可以从树妖处购买，装备后能确保玩家攻击产生的弹幕不会摧毁土块上种植的草药，是维护方块药田安全的必需品。再生之斧也能在砍树时自动补种树苗并提高草药相关掉落。
