舰队指挥是无尽的拉格朗日核心玩法之一，合理的编组与战术部署直接影响战斗效率。一支舰队最多拥有300指挥值的舰船，升级到九级基地并解锁相关建筑后可提升到400指挥值。舰船在舰队中的位置分为前排、中排和后排，敌方会根据武器系统优先攻击前排战舰。需舰船位置由蓝图中的定位决定，无法手动调整，因此组建舰队前需充分了解每艘舰船的默认站位特性。
指挥值的分配需要权衡舰船类型与数量。战巡、航母等大型舰种会占用较高指挥值，通常建议通过增援功能突破限制——出征后可使用增援指令额外加入5艘舰船（无视指挥值）。但需注意，增援会改变舰队移动模式，曲速航行的舰队被增援后将转为普通航行。编组时建议将工程舰与AC721载货型混编，利用后者的大仓储容量减少采矿往返次数，同时携带护航艇可针对性提升对中型舰的杀伤力。
舰队移动速度取决于编组内最慢的舰船，这对多舰队协同作战尤为关键。高速侦查舰的运用能显著提升战术灵活性：先派遣侦查舰抵达目标位置，主力舰队再通过曲速跳跃可大幅节约时间。在PVP中，舰队命名也具有战术价值，通过伪装主力舰队名称能有效迷惑对手。封锁功能需谨慎使用，虽然能自动刷野怪获取经验，但过度封锁可能引发矿区冲突。
战斗编组需遵循前排抗伤、中后排输出的基本原则。防空型舰船如光锥级应保留80左右指挥值空间，针对敌方舰载机进行配置。攻城作战时，诺玛M470+云海级的组合能高效拆除前哨站，配合FG3000护卫舰可形成机动打击力量。战后维修必须返回基地船坞完成，预制模块无法在舰队仓储中直接使用，这点在连续作战时需特别注意。
资源采集与战斗舰队应完全分离管理。小型综合工厂、金属炼化工厂升到8级可保障基础产量，前哨站对接资源带会永久占用采集点，需权衡连接收益与自主开采的优劣。采矿平台虽能节省计划圈并提供10%-30%采集加成，但会引发同盟内部的资源竞争。建议3名玩家共享矿区，既能应对抢矿行为，又可分摊封锁野怪的战斗损耗。
