舰队仓储系统是无尽的拉格朗日中管理舰队资源与舰船的核心模块，主要用于存储、分解和强化舰船。该系统直观易用，玩家可通过界面查看所有舰船的战斗属性、等级和类型，并进行管理操作。分解多余舰船可获得稀有资源，用于精炼现有舰船以提升等级和属性。仓储空间初期有限，但可通过升级系统扩展容量，升级需通过挑战副本或完成任务获取资源。
合理规划仓储空间是提升效率的关键。每艘舰船拥有独立仓储容量，玩家需根据物资类型和优先级分类存放，确保关键资源可快速调用。资源多样性同样重要，需平衡存储金属、晶体、重氢等不同类型资源，以应对突发战斗或资源竞争。工程船仓储强化后能显著提升采集效率，建议优先升级工程船仓储模块，优化资源流转速度。敌对势力可能攻击并掠夺资源，因此需投资防御系统，如提升舰船护甲或部署电子战设备。重要资源建议存放在防护较强的舰船中，并避免长时间暴露在危险区域。紧急应变系统也需提前部署，例如设立备用资源储备或快速反应编队，以降低突发状况造成的损失。
物资流转效率直接影响舰队发展速度。高效补给线能缩短采集周期，建议利用交易系统快速周转冗余资源。预制模块无法在战斗后维修，需返回基地船坞处理，因此作战前需确保仓储资源充足。采矿平台可节省计划圈并提升采集效率，但仅限同盟成员共享，需注意矿区分配以避免冲突。置换功能可替换低效舰船，强化功能则能提升整体战斗力。每艘舰船拥有独特技能，合理搭配可形成针对性战术。将高火力舰船与防空单位编组，可应对不同敌人。仓储升级后解锁的曲速航行等功能，能大幅提升舰队机动性，但需注意增援操作会中断曲速状态。
