清籁旧宝启动机关的解密关键在于按照特定顺序踩踏地面花纹。首先从右下角的石板开始踩踏，以回型绕圈的方式进行移动。第二次机关则需从左下角的石板起步，按照蛇形路线行走。完成两次机关操作后与藤原俊子对话即可完成任务。地下室的踩踏只能直线进行，无法斜线移动，且离开木板范围会导致失败。
清籁丸船上的机关解密主要围绕罗盘调整和继电石摆放展开。船头甲板处有四个指针呈直角的罗盘，需将四个罗盘旋转到指针两两相对的位置。船尾部分需要找到三块继电石，通过雷传送门获取第一块继电石后，利用雷种子进入结界获取另外两块。最后将继电石按特定方式摆设，即可开启下方闸门。
清籁旧宝地下室机关分为两个阶段解密。第一阶段需按照123、312或231的顺序踩踏花纹地板。第二阶段机关发生变化，需要再次解密，路线更为复杂。完成两次解密后会出现一个洞穴，跳下可发现锁住的宝箱和新任务。跟随藤原俊子前往营地的过程中还需应对愚人众的袭击。
清籁丸船上的仙灵引导也是重要环节。跟随仙灵可找到多处宝箱和神瞳，其中包含锈蚀的钥匙和完整的钥匙。在船舱中完成翻牌连连看机关，需点亮两块图案相同的地砖。通过相位之门可快速移动至继电石位置，接触雷种子后能飞往高处获取奖励。
