宝石是一类重要的矿物资源，主要包含绿宝石、海蓝宝石、红宝石、紫水晶、黄水晶、翡翠、钻石以及最为罕见的五彩碎片，总计八种。除了五彩碎片因其特殊的电动势会对机器产生不良影响而无法被复制外，其余所有种类的宝石均可以被放入宝石复制机中进行复制，这是宝石资源可持续获取的一个关键机制。这些宝石通常也是小镇居民们最为喜爱或喜欢的礼物，同时在制造其他物品或锻造武器时也可能被用到。
宝石的获取途径多样，但主要依赖于采矿活动。除钻石和五彩碎片外，大多数宝石都有概率在玩家破坏矿井中的木箱和木桶时出现。绿宝石可以在超过矿井80层的绿宝石矿点和宝石矿点发现；红宝石同样可在80层以上的对应矿点获取；海蓝宝石则与矿洞40层以后的任务关联。钻石的获取通常需要玩家到达矿洞40层以后才会接到相关任务，而五彩碎片的出现则完全没有规律，极为稀有。通过炸矿流玩法，即使用炸弹或弹弓在矿洞中爆破岩石，也能高效地获得大量的宝石和矿石。
宝石在游戏中扮演着多重角色，其价值远不止于直接出售换取金币。它们是增进与村民关系的重要礼品，例如克林特、矮人和艾米丽普遍喜爱多种宝石，而钻石则是艾芙琳、格斯等多人最爱的礼物。宝石是重要的制造与交换材料，例如翡翠可以在周日于沙漠商人处交换楼梯，红宝石可以兑换香辣鳗鱼，钻石可以兑换三倍浓缩咖啡。在姜岛火山锻炉的武器强化系统中，不同宝石能赋予武器独特的效果，如紫水晶可增加击退，海蓝宝石能提升暴击率。
五彩碎片是最为特殊和珍贵的一种。它无法被宝石复制机复制，其首要用途是捐献给博物馆以完成收集。更重要的作用是，当玩家将其带到沙漠时，可以换取强力的银河之剑。五彩碎片在游戏后期还用于在姜岛火山第10层给武器及工具进行附魔，是一种顶级的后期强化材料。与五彩碎片相比，钻石是常规宝石中价值最高的，放入复制机中产生的收益最大，因此常被推荐作为宝石复制流的核心复制对象，以稳定获取财富。
